Lamento lo que te ha ocurrido, cuando se conectan cables siempre hay riesgos. Si la tienes que desoldar y no tienes experiencia, prueba antes en placas viejas con chips similares hasta que consigas algo aceptable.
La memoria borrada debe de estar todo FFFFFFF, y para no crear confusiones, La idea es:

Tratar de acceder directamente a la memoria (por jtag sin información de la cpu, UFFFF!!!) y si esta conectada en el circuito, no sabemos que le llega de la cpu, por lo que si le inyectamos tensiones externas, puede haber conflictos que alteren el resultado e incluso cargarnos la cpu.

Esta utilidad (esta el código fuente para repasar lo que hace) es para mandar la secuencia de señales para poder acceder a la memoria (pero sin interferencias). Así que lo correcto sería desoldarla.

Un saludo.

PD.- Mira que no haya cortocircuitos, el puente lo tengas en modo debug.