Ya esta resuelto el problema de la conexión. Al abrir el puerto 21 como una aplicación especial (esos puertos son para juegos y algún que otro programa que lo necesita) parece ser que después de un tiempo sin actividad en ese puerto luego no hay conexión hacia el exterior.
Al conseguir abrir el puerto 21 donde hay que abrirlo (sin ser como aplicación especial), ahora ya tengo el servidor FTP funcionando perfectamente y sin cortes.
Gracias a todos por intentar ayudarme.