Según dicen aquí el usufructo se extingue al morir tu padre:

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Pues el artículo 513 del Código Civil ya dice que [B][B]el usufructo se extingue "1º- por la muerte del usufructuario".[/B][/B]
Osea que ya está extinguido.

Pero si se hizo la aceptación de herencia ( que me parece entender que si), se llevaría la escritura notarial al registro de la propiedad, por lo que en el registro consta que hay un usufructuario.

Debéis llevar al registro certificado de defunción para que reflejen que ya no hay usufructuario. Porque tarde o temprano habréis de hacerlo. Ya que si no, nunca podréis vender el piso, ni ponerlo en garantía de un préstamo, ni hacerle una hipoteca, ni alquilarlo, con plena legalidad... etc.

Ya cuando el registro tome nota del fallecimiento del usufructuario, os queda libre y de vuestra absoluta propiedad.

El coste, nada. Prácticamente nada. Muy pocos euros si es que os cobran algo.
Al fallecer vuestra madre, por supuesto que queda extinguido el usufructo, pero hay que notificarlo.
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[url]http://www.todoexpertos.com/categorias/familia-y-relaciones/herencias/respuestas/2218904/extincion-y-costes-del-usufructo[/url]

Suerte!.