Si no sabes hacer animaciones, será un poco dificil explicarte, pero veamos...
Mezclar un gif con un jpg, se podría hacer de dos formas.
La mas complicada sería....
Primero unificar la posición de cada capa, frame por frame, seleccionándolos todos a la vez y arrastrando todo el grupo hasta ponerlo encima de tu jpg en el lugar que necesites, luego ya los deseleccionas y compruebas que la animación funcione.
Otra forma es la siguiente....
Ahora lo haremos al reves, digamos que la bandera hace 100x100, lo editas y te vas a la barra de herramientas y selecciona Imagen/tamaño del lienzo y lo cambias a mas grande 600x600, veras los laterales transparentes pero no te preocupes.
Trasladas tu jpg encima de la bandera, mira a tu derecha y en el orden de las capas, mueves tu jpg a la primera capa, unificala porque si no lo haces, no te saldría en el mismo lugar (cuando reproduzcas la animación).
No toques ninguna capa de las banderas, solo la imagen jpg o lo destartalarás todo.
Ahora con la herramienta de recortar (está situada al lado del gotero) marcas solo lo que quieres conservar de la imagen y en la barra de herramientas "aceptas".

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