Sobre los archivos sd llevo dos años grabando archivos ts en dos S-5 y he probado un montón de programas.
Desde hace un año solo uso dos.

"VideoReDo", con él paso los ts a mpg cortando principio y fin y anuncios. Con el consigo mpg's sin perder nada de calidad en un minuto. Cada hora y media viene a pesar entre uno y dos gigas dependiendo del canal.

"TmpgEnc 4.0 Xpress", si quieres recomprimir para que ocupen menos no te recomiendo ningún otro para ts entrelazado (la mayoría). La nitidez que se obtiene con este programa yo no la he conseguido igualar con ningún otro.

Los dos son de pago (ya me entiendes, no?)

Por cierto, es indiferente usar ts múltiples, yo dejo grabando de lunes a viernes en un canal (por ejemplo el pus), con el videoredo abro los ts de 4 en 4, extraigo las películas que me interesan (a razón de minuto la película) y tiro los ts a la papelera.